在进行分子生物学实验时, 跑胶这种操作是极为常见的了。有不少人仅是将注意力聚焦于条带是否明亮, 然而却把背后存在的安全风险以及染色原理给忽视掉了。各种各样不同的核酸染料, 它们各自都有着独特的特点, 要是选错了, 那么不单单是实验结果会不尽如人意, 甚至还极有可能对健康造成危害。只有去了解它们的特性, 才能够让实验取得事半功倍的效果。
核酸染料电泳哪种最安全
价格低廉且灵敏度高的传统溴化乙锭（EB）, 是具有较高致癌风险的强诱变剂, 其废液处理相当麻烦。如今实验室愈发倾向于选用替代品, 像SYBR Safe或者GelRed。这些新型染料经设计后不易穿透细胞膜, 故而安全性大幅提升, 无需特殊的防诱变操作流程。
除安全外, 灵敏度亦是关键考量因素, 有些染料针对低浓度DNA的检测能力比不上EB, 这会致使弱条带遗失, SYBR Gold等染料在灵敏度方面甚至超过了传统染料，然而其价格十分昂贵, 对于常规PCR产物检测而言, 普通的SYBR Green II通常足以满足使用要求, 它能够在紫外光下发出明亮的荧光, 并且背景噪音相对较低。
各不一样的染料, 其激发波长也是有所不同的, EB主要是运用紫外光来进行激发的, 然而一些新出现的染料是能够借助蓝光来激发的, 如此一来便能够减少对DNA的光损伤, 用蓝光激发还能够使得凝胶更加耐用, 从而方便后续的切胶回收操作, 挑选合适的激发光源, 能够对样品完整性起到保护作用, 进而提高下游克隆或者测序的成功率。
核酸染料电泳条带不清晰怎么办
有些时候, 明明染料并未超出有效期限, 然而条带却呈现出模糊不清的状况, 这一般是和电泳的那些条件存在关联, 较高的电压会致使产生过多的热量, 进而让凝胶的温度有所升高, 使得 DNA 的迁移速度变得不均匀, 条带出现拖尾或者弯曲的现象, 建议将电压控制在 5 至 10 V/cm 之间, 以此保持凝胶温度的相对稳定。
染料浓度同样得精准把控, 要是染料超出适宜量便会和DNA结合得过紧, 进而抑制其迁移, 致使条带出现滞后现象, 若染料量不够则信号会微弱, 进行最佳操作便是在制作胶块时添加染料成分, 而非在之后进行染色, 如此一来分布会更加均匀, 针对琼脂糖凝胶而言, 浓度越高分辨率就越好, 不过高浓度的胶或许更难以实现脱色, 需要适度延长电泳所耗费的时间。
结果受DNA样品纯度的直接影响, 蛋白、盐离子或者乙醇残留, 都会对染料结合造成干扰, 或者引发条带畸变, 要确保样品经由酚氯仿抽提, 或者柱纯化, 以此去除杂质, 高质量的DNA样本是获取锐利条带的基础, 不要对上样前的准备工作予以忽视。
