从事分子生物学实验时, 核酸电泳差不多是每个人都无法避开的流程。瞅着胶板上明晰的条带, 内心方才安稳；倘若条带出现拖尾、弥散或者压根看不到的状况, 那着实会使人血压急剧升高。好多人认为这仅仅是将样品点进去、接通电源、进行拍照这般简易, 然而事实并非如此。从配胶时浓度的挑选, 到上样量的精准掌控, 再到电泳缓冲液离子强度的调节,每一个细微的变量都会对最终结果产生影响。领悟电泳背后的物理化学原理核酸电泳, 是摆脱“玄学”实验的重要一步。
为什么我的核酸电泳条带会拖尾？
在电泳里头, 条带拖尾属于极为常见的那种“疑难杂症”, 而其缘由常常隐匿于细微之处。最为常见的缘由便是样品之中含有过量的盐离子或者蛋白质杂质。要是在提取核酸之后未曾充分进行洗涤, 残留的盐分就会使得样品的导电性发生改变, 进而致使电场分布不均衡, 如此一来, 条带就会如同被拉长的面条那般模糊不清。到了这个时候, 重新对样品进行纯化处理或者增添乙醇沉淀的步骤, 通常而言能够解决一多半的问题。
容易被忽视的另外一个因素是加样量过大, 不少新手为了看得更为清楚, 猛力往孔里加样, 结果致使样品超载, 过量的DNA会在电场中互相干扰, 产生smear（涂抹状）现象, 除此之外, 要是琼脂糖凝胶未完全凝固便开始通电, 或者电泳过程里电压过高产生大量热量致使凝胶熔化,也会造成条带变形核酸电泳, 将上样量控制在100至500ng之间, 保持低电压长时间电泳, 能使条带更锐利、。
如何选择合适的琼脂糖浓度？
凝胶的孔径大小由琼脂糖浓度直接决定, 进而对不同大小DNA片段的分离效果产生影响。这恰似筛子, 网眼太大小颗粒留不住, 网眼太小大颗粒过不去。对于常见的PCR产物（几百bp到2kb）, 倘若使用0.8%-1.2%的琼脂糖凝胶就能得到不错的分辨率。要是需要分离更大的片段, 例如基因组DNA或大片段克隆载体, 那就需要把浓度降低至0.5%-0.7%。
反之, 要是打算辨别极小的片段, 像miRNA或者短的引物二聚体这种, 就要把琼脂糖浓度提升到1.5% - 2.0%甚至更高。高浓度的凝胶虽说分辨率高, 可是凝固时间会变长, 并且容易开裂, 操作的时候得更加小心。另外, 挑选合适的Marker也是极为关键的一项, 它不只是定量的标准, 更是用以判断电泳是否正常运行的标尺。要是Marker自身跑得歪歪扭扭, 那后面的样品分析也就没有意义了。
