操作分子生物学实验时, 跑胶这一环节需要核酸染色, 转膜这一环节也需要核酸染色, 测序这一环节同样需要核酸染色。许多刚踏入实验室的同学, 面对摆满染料瓶的桌子, 会觉得头疼。有SYBR Green, 有GelRed, 还有EtBr, 到底该选用哪一种呢? 实际上, 挑选核酸染料的关键逻辑较为简单, 就是安全性以及灵敏度。不同的染料, 在毒性方面存在很大差异, 在结合方式方面存在很大差异, 在适用场景方面也存在很大差异。倘若选错了, 不但会对实验结果产生影响, 甚至还可能对健康造成危害。了解这些染料的特性，能帮你避开无数坑。
传统经典EB染料还有哪些替代品
曾经核酸染色领域, 乙酰胺溴也就是EtBr属绝对佼佼者, 并具价格实惠又灵敏度高之特性。然而它却是一种强诱变剂, 能够嵌入DNA双螺旋结构里, 对实验工作人员存在潜在致癌风险。伴随环保以及安全意识的提高, 越来越多实验室着手淘汰它。要是你stil还在运用EtBr, 一定必须严格依照废液处理流程, 穿戴好防护装备。EtBr虽说价格便宜, 可是安全隐患不容小觑, 长时间接触或许会带来不可逆转的健康损害。
存在着许多更具安全性的“绿色”染料于市场上应运而生, 其目的在于对EtBr予以替代, 像SYBR Safe以及GelGreen皆属此类, 它们具备着同样的高灵敏度, 并且毒性极低, 甚至能够借助普通垃圾桶来对废弃物加以处理, 这类染料一般借助嵌入或者结合双链DNA的方式来实现发光, 适宜用于常规的琼脂糖凝胶电泳操作, 对于大多数的常规实验来讲, 这些替代品已然完全能够达成需求, 还具备着更加便捷安全的操作特性, 标点符号该在句号后呢还是哪里呢。
特殊场景下的高阶核酸染料选择
有的实验除常规琼脂糖凝胶电泳外, 对染料有特别的要求。举个例子, Southern Blot或者Northern Blot进行的时候, 要用到非放射性的标记探针, 这个时候SYBR Gold或者Cy3/Cy5这类荧光染料会更适宜。它们具备极大的量子产率, 能够检测出极其微量的核酸, 特别契合PCR产物分析或者低丰度RNA的检测。高灵敏度染料虽说成本比较高, 可是在微量样本检测里常常能带来出人意料的效果。
此外, 要是实验关联活细胞成像以及实时监测, 于这种状况之下, 那种需要裂解细胞的嵌入型染料便不可使用了。这时, 诸如Hoechst或者DAPI这般的核染料会变为首选, 它们能够特异性地去结合AT富集区域, 并且在紫外光激发的情况下发出蓝色荧光。这类染料主要是用以观察细胞核形态以及染色体分布, 并非单纯的凝胶电泳。在选择染料之际, 務必要明确你的实验目的: 到底是要看条带清晰度, 还是要看细胞分布呢? 当明确需求之后再去下单, 以此避免买错试剂从而浪费经费以及时间。
